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权力越大，责任越大。
推荐题主阅读《大气功师》

讨教下赵老师，能提供点什么思路或方向吗？

本人的意思是：
如流量应分配给谁这种本该让系统负责的管理功能，还是让系统去管比较合适，你非要编程去管，纯属自寻烦恼；
象血液该流向哪里这种本该让小脑负责的管理功能，还是让小脑去管比较合适，你非让大脑去管，就会走火入魔。

本人也没做过相似的工作，但没找到思路是不对的，要学会问本人的问题。
第一，应用层能否实现？你本人都否定了，应用层是不能达到你的目的。很显然，相似流量管理这样重要的系统管理功能，应用层若能完成那还得了？
第二，驱动层完成，那么过滤驱动实现思路基本上是确定的。但能否一个过滤驱动就可以完成？这需要了解具体的过滤驱动能力以及你的目标。例如说，你甚至可能有比360更灵活的目标：能让用户具体选择在特定网络接口上的流量控制。这恐怕需要阅读MSDN，例如：http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ff568356(v=vs.85).aspx，并阅读实际的例子驱动，分析它的能力，和你的目标进行对比。
第三，在第二的基础上，估计你有一堆疑问。能做的就是逐一解决疑问。例如，从本人这个外行来看，如你本人所提：过滤驱动是工作在任意进程环境下的，怎么样确定当前网络数据包和特点进程的联系，而且数据包发往什么网络接口（假如你有这个需求的话）。TCP/IP都有端口，端口起初目的就是用来标识进程的。一些辅助工作：获得PID后，还要获取相应的命令行，以便像360那样，能显示对应的进程图标（当然假如你有这个需要的话）。
疑问解决得差不多之后，就可以实际编写、调试了。
最后是一些次要小问题，例如驱动移植到64位操作系统需要数字签名的问题。

http://bbs.pediy.com/showthread.php?t=189926
刚刚在看雪看到的，希望对题主有帮助

TDI+NDIS，两者结合下就可以了