springmvc4+hibernate4环境搭建，最佳实践

大家好，今天搭建了springmvc4+hibernate4的一个web环境，但有些问题和疑惑，希望大家提出一些建议，也造福其他程序员
1.大家在平时工作中喜欢哪种开发目录结构？
a.第一种

com.book.模块1.
			  controller
			  service
			  dao
com.book.模块2.
			  controller
			  service
			  dao
...

b.第二种

还是
com.book.controller.
					模块1
					模块2
					...
com.book.service.
					模块1
					模块2
					...
com.book.dao.
					模块1
					模块2
					...

出现这个问题，主要是因为在springmvc环境搭建的时候，用的注解，想通过<context:component-scan base-package=”com.by.myapp.samples.controller”>，将Controller和Service、Dao都扫描到spring容器中，其实是将Controller扫描到springmvc容器中，将Service、Dao扫描到spring容器中，所以得分开扫描，得分别写到2个配置文件，如下：
Springmvc容器中，对Controller的扫描：

	<!--
		扫描Controller,但是目录要精确，也就是说base-package目录下不能有其他的组件，只能有Controller，不然会影响到事务的开启,
		如果用第一种目录结构，就得写N个模块的Controller扫描，
		如果用第二种目录结构，只需要写一个，但带来的问题是，当模块比较多的时候，开发不太方便，例如某模块的Controller、Service、Dao存放的位置比较远，不方便找代码
	-->
	<context:component-scan base-package="com.by.myapp.samples.controller">
		<context:include-filter type="annotation" expression="org.springframework.stereotype.Controller"/>
	</context:component-scan>

Spring容器中，对Service、Dao的扫描：

	<!-- 扫描Service和Dao -->
	<context:component-scan base-package="com.by.myapp">
		<context:exclude-filter type="annotation" expression="org.springframework.stereotype.Controller"/>
	</context:component-scan>

问题也在配置文件说明了，想请教下大家，对这种问题大家是怎么解决的？
即想少的配置（不会因为模块的增加而多加配置），又想开发的时候比较方便（不会因为模块的增加而使目录结构凌乱），希望大家赐教，集思广益。