假如你的 ibdata文件 太大 基本上是 原因是 innodb  共享表空间文件的设置导致的
清理的话
需要先
dump出数据，关闭mysql 修改my .cnf 文件
然后删除 ibdata文件 ，和一些应用数据库文件
启动mysql 之后， 验证一些 参数设置能否成功
最后 再把dump出来的数据进行导入
这时候  ibdata 文件 将不会像之前那么大了
参考一下这个吧
http://blog.chinaunix.net/uid-24373487-id-4223322.html

ibdata1 无法直接清空，只能先mysqldump导出全部数据，然后停止MYSQL服务，再删除IBDATA1文件，后再恢复全部数据库。

不同的mysql版本，可以有不同的处理方法。
假如是5.6之前的版本，只能mysqlump导出数据，之后，删除掉数据库，之后停掉mysql，然后删除ibdata1 和ib_logfile，和数据库目录，然后启动mysql，重新建数据库导入数据。
假如是5.6之后的版本，并且innodb_file_per_table 设置的0 ，那做法同上。假如是innodb_file_per_table 设置的1，那可以导出表结构，之后停掉mysql，备份data目录下的那些数据库目录，之后删除这些目录。之后删除ibdata1 和ib_logfile，然后启动mysql，创建数据库导入之前备份的表结构，然后对全部innodb 引擎的表执行  alter table xxx discard tablespace 的命令，之后，把备份的目录下的文件拷贝过去覆盖，设置好目录文件权限之后，再import tablespace，对myisam引擎的执行 repair ，之后重建一下索引，就OK了，其实也挺麻烦的，貌似还不如直接导出备份，再导入。
另外，有些版本。例如忘了是阿里还是哪个提供了一个修改版的mysql，是可以在线收缩ibd文件的，不过本人只是看到过，没太留意。