google 到的,不知道对你有没有用了.
找到并修改my.cnf文件。
看看能否有绑定本地回环地址的配置，假如有，注释掉下面这段文字：（在文字之前加上#号即可）
代码如下:
bind-address = 127.0.0.1
然后找到[mysqld]部分的参数，在配置后面建立一个新行，添加下面这个参数：
skip-name-resolve
保存文件并重启MySQL

不能解析到这台机器上，用主机名试一下。

这个时候用MySQL命令行是可以连上的。
假如这样基本上说明不是MYSQL服务本身的问题了。

检查防火墙，或先关闭防火墙及杀毒软件试一下。

my.ini也是一样的，你试下他给的建议

LZ你好，本人以前做OTA DBA的时候遇到过相似的问题，但是数据库太复杂，同样的问题原因有很多种，本人只能给出本人当时的一些解决方案：
当WEB服务器负载高的时候，经常会出现这种错误，
原因：
MySQL默认connect_timeout是5秒，超过了这个时间MySQL的server端就会返回“Bad handshake”。
解决办法：
1.大多数时候设置”set global connect_timeout=60″是可以解决问题的;
我们可以通过执行“SHOW STATUS LIKE “”aborted%”””，可以观察到
Variable_name Value
Aborted_clients 6
Aborted_connects 15010
觉得能否要增加connect_timeout的时间，”Aborted_connects”将会随着服务端放弃客户端初始连接而增加。假如”Aborted_connects”很大，并且不断增加，就需要增加”connect_timeout”.
2.在MySQL的配置文件中[mysqld]添加”skip-name-resolve”,减少域名解析的时间
3.部署服务器端的网络要好，至少大于100Mbps/s
4.假如是在调用mysql_query的时候出现的问题，那就需要把”net_read_timeout”的时间调成30秒，或60秒，或更大的值
5.假如还不能解决问题，那估计是你的SQL语句中含有BLOB这种大类型，我们就需要增加”max_allowed_packet”的值了